نسبة لوضع كليات الجامعة الجغرافية الممتد على مساحات واسعة في مواقع مختلفة جغرافياً وجدت المكتبة نفسها مضطرة للانتشار لا مركزياً على حسب مقتضيات البحث وعلى حسب الوجود الجغرافي للكليات المختلفة بالجامعة وتتبع للمكتبة المركزية إدارياً المكتبات الآتية:

كل من هذه المكتبات تقوم بالخدمات التي تقدمها المكتبة المركزية بصورة مصغرة وإعداد طلبات الكتب وتسجيلها وطلبات الدوريات التي تتم مركزياً أما مكتبة السودان فهي تقوم بدور المكتبة الوطنية علاوة على دورها كمكتبة اكاديمية تخدم طلاب الدراسات العليا والباحثين  والاساتذة.