عندما أصبحت كلية غردون التذكارية مركز للدراسات الجامعية في عام 1945 ثم جمع ثلاثة آلاف كتاب من المدارس لتكون النواة لمكتبة الجامعة  وبعد فترة وجيزة أهدي سير دوقلاس نيويولد Sir Doglass New Bold السكرتير الادارى لحكومة السودان انذاك  ثلاثة الاف مجلد اخرى وهى عبارة عن المجموعة الكاملة لمكتبة السكرتارية وجلها كتب عن السودان وافريقيا وبعد وفاته تم اهداء مكتبته الشخصية المكونة من الاف المجلدات لمكتبة الكلية باسمه عام 1947 ولذا فهو يعتبر المؤسس الحقيقى لمكتبة الجامعة ومع مجموعة نيوبولد المهداه كانت توجد بعض المجموعات الوثائقية التى تتعلق بالمخابرات البريطانية فى السودان ،وبعد وفاته اتت معونات من جهات اخرى لمقابلة متطلبات الكلية المتزايدة  وفى السنوات 1945-1950 تسلمت المكتبة 2500 جنيه استرلينى من وقف رودس Rhodes Trust  بالاضافة الى منحة خاصة من حكومة االسودان مقدارها 6600 جنيه استرلينى

تبع ذلك استنفار شعبى فى الشرق الاوسط والمملكة المتحدة ووجد اقبالا حسنا وخصص العائد بالاضافة للميزانية المخصصة للمكتبة لشراء كتب مما احدث طفرة فى مجموعات المكتبة اهدت زوجة المرحوم البروفسير سعد الدين فوزى مكتبته الخاصة للمكتبة عام 1960م.

مكتبة الجامعة هى اكبر مكتبة في السودان واصبحت بمثابة المكتبة القومية وهى تتمتع بحق الايداع لمطبوعات الامم المتحدة ومنظمة الفاو ومنظمة الصحة العالمية وهى تتكون من مكتبة مركزية في المجمع الرئيس حيث تشغل معظم اجزاء مبنى كلية غردون التذكارية وتحتوى على المجموعات الخاصة بالعلم الاداب والاقتصاد والعلوم الاجتماعية بالاضافة الى قسم السودان والذى يقوم بمهمة المكتبة القومية اذ انه لم يتم انشاء مكتبة قومية بالسودان حتى الان. اما المكتبات الفرعية فتوجد بكليات الزراعة والبيطرة والتربية والهندسة والعمارة والقانون والطب والعلوم الرياضية.

أصبح اسم المكتبة في العام 1956 مكتبة جامعة الخرطوم وبعد ان سودنت وظيفة أمين المكتبة تولاها الأستاذ عبد الرحمن النصري في العام 1988 خلفا للمستر جوليف Mr.M.Jolliffe  الذي كان أمينا للمكتبة منذ العام 1945 وكان يساعده Mr Dean  وخلفه بعد ذلك Mr Tibbifs

توفير الكتب والدوريات التي يحتاجها الأساتذة والطلاب

إعداد الفهارس لكل مجموعات المكتبة

توفير كل السبل من أجل مساعدة القراء للوصول إلى ما يحتاجون إليه من مصادر ومراجع.