مختبرات التحليل التابعة لمعهد الدراسات البيئية كانت في الأصل وحدة أبحاث الأحياء المائية التي أنشئت عام 1953 وكانت تتبع لكلية العلوم. أدمجت وحدة أبحاث الأحياء رسمياً في معهد الدراسات البيئية عام 1992 وأصبحت منذ ذلك التاريخ مقراً لمختبرات التحليل.

توجد بالمختبرات الكثير من المعدات والأجهزة والزجاجيات والمواد الكيمائية ومعدات العمل الحقلي. من ضمن الأجهزة يوجد جهاز قياس مطياف الامتصاص الزري ، وأجهزة لقياس الأس الهيدروجيني ، الأكسجين المذاب في الماء ، جهاز هاش ، ميزان دقيق ، ميكروسكوبات  أجهزة ومعدات أخذ عينات من الماء مثل شبك الهوام ، مغراف وجهاز قياس نفاذية الضوء في الماء.

يتبع للمعهد رفاص هو عبارة عن معمل عائم يستخدم لدراسة بيئة المياه العذبة ويمكن من القيام برحلات طويلة في المياه السودانية. والرفاص "ملكال" متفرد في نوعه حيث يتيح إمكانية العيش والعمل بداخله للعلماء والمشرفين عليه من ريس وميكانيكي وبحارة.